A paprikát 220 fokra előmelegített sütőben addig sütjük, amíg meg nem ég a héja, majd kivesszük, lefedjük egy tálban, és hagyjuk teljesen kihűlni. Ha kihűlt, leszedjük a héját, kikaparjuk a magjait, és nagyobb darabokra vágjuk.
Egy serpenyőben az olajon megpirítjuk a kis kockákra vagy szeletekre vágott kolbászt, rádobjuk a kétfajta, apróra vágott hagymát, sózzuk, borsozzuk, és kicsit lepirítjuk. Megszórjuk az őrölt fűszerekkel, elkeverjük, felöntjük a paradicsommal és a vízzel, majd belerakjuk a paprikát. Ha felforrt, 6-7 percig főzzük, majd beleszórjuk a spenótot, és ha összeesett, 4 kis mélyedést formázunk a raguban, ezekbe ütjük a tojást. Ezután mehet 200 fokra, 10 percre a sütőbe.
Közben a lapos kenyérhez összekeverjük a liszteket a sóval, majd elkeverjük a joghurttal, összegyúrjuk, 2 kis gombócot formázunk belőle, majd lisztezett deszkán kinyújtjuk. Egy száraz serpenyőben, közepes hőmérsékleten megpirítjuk mindkét oldalát. Ha kiszedtük, az olvasztott vajban elkeverjük a zúzott fokhagymát, és lekenjük vele a kenyeret.
A shakshukát megszórjuk apróra vágott petrezselyemmel, majd tejföllel és a lapos kenyérrel tálaljuk.